مدارس قرآنی به مدارسی اطلاق می‌شود که در آن دانش آموزان مستعد و علاقمند، علاوه بر برنامه رسمی و ساعات مقرر در جداول مواد درسی دوره‌ها و رشته‌های مختلف تحصیلی، حداکثر شش جلسه آموزشی در هفته، معارف، شایستگی‌ها و مهارت‌های تکمیلی قرآنی را فرا می‌گیرند. مدارس دولتی و غیر دولتی در تمام دوره‌های تحصیلی، با اولویت دوره ابتدایی، می‌توانند با رعایت مفاد این آیین نامه و بر اساس دستورالعمل وزارت آموزش و پرورش نسبت به راه اندازی مدارس قرآنی اقدام کنند. مجوز تاسیس این مدارس برابر ضوابط، به درخواست اداره کل آموزش و پرورش استان و موافقت معاونت پرورشی و فرهنگی صادر می‌شود.
به دانش آموزان این مدارس، علاوه بر مدرک تحصیلی رسمی، پس از کسب موفقیت در برنامه‌های مقرر، برابرضوابط، گواهینامه اعطا می‌شود. منابع انسانی شاغل در این مدارس، اعم از مدیر، معاون، مربیان، معلمان و سایر کارکنان علاوه بر ضوابط عمومی، متخلق به اخلاق قرآنی بوده و از حسن شهرت برخوردار هستند.